За отключването на алергиите може да има различни причини. Например при бебетата, родени с цезарово сечение, рискът от алергия е значително по-висок, отколкото при бебетата, родени по естествен път. Генетичните фактори, храненето и влиянието на околната среда също са от решаващо значение по отношение на риска от алергия.
В крайна сметка основната причина за възникването на алергия е нарушеното функциониране на имунната система. Обикновено организмът ни е в състояние да разграничава безвредните от вредните влияния. Така например, когато консумирате ягоди, имунната система отчита, че ягодите не представляват опасност, обаче ако имунната Ви система е дебалансирана, е възможно внезапно да започне да се отбранява срещу ягодите, все едно са някакви злонамерени нашественици.
В много случаи отслабената имунна система се дължи на нарушен баланс на чревната микрофлора. В червата си имаме около два килограма полезни бактерии, като напр. лактобацили. При дисбаланс между „полезните“ и „вредните“ бактерии, или ако в организма липсват полезни бактерии, развитието на имунната система ще бъде отслабено.
Това е и причината рискът от алергии при бебетата, родени с цезарово сечение, да е значително по-висок. При естествено раждане чревната микрофлора на бебето съдържа множество полезни бактерии, получени при досега на бебето с бактерии от вагиналната и чревната микрофлора на майката. Това обаче не е така при раждането с цезаровото сечение. Има недостиг най-вече на бифидобактерии и естествени „стартерни култури” на лактобацилите, т. нар. млечнокисели бактерии. В резултат съществува повишен риск от отключване на алергии, а оттам и риск от заболяване от астма.